محیط‌زیست به‌عنوان مخزنی برای ژن‌های باکتریایی عامل مقاومت ضدباکتریایی عمل می‌کند و با دریافت رواناب کشاورزی و پساب دارویی، موجب ظهور مقاومت جدید می‌شود. اینگر اندرسن، مدیر اجرایی برنامه‌ی محیط‌زیست سازمان ملل متحد (UNEP)، در بیانیه‌ای گفت: «همان عواملی که موجب تخریب محیط‌زیست می‌شوند، مشکل مقاومت ضدمیکروبی را نیز تشدید می‌کنند. اثرهای مقاومت ضدمیکروبی می‌تواند سلامت و سیستم غذای ما را نابود کند.»
به‌گزارش وایرد، سند سیاست ۱۲۰ صفحه‌ای «آماده‌شدن برای رویارویی با ابرمیکروب‌ها»، محیط‌زیست را به‌عنوان مکانی تعریف می‌کند که در آن، مقاومت ضدمیکروبی هم ایجاد می‌شود و هم ویرانی به‌بار می‌آورد و موجب مرگ ۱٫۲۷ میلیون نفر در سال می‌شود. این مشکلی است که برنامه‌ریزان بهداشت عمومی قبلاً برای بیمارستان‌ها و مراکز مراقبت فوری و مزارع تولیدکننده دام و ماهی و محصولات کشاورزی تشخیص داده بودند.
گزارش مذکور به پژوهشگران چهارچوبی برای درک پاتوژن‌هایی می‌دهد که در بخش‌های اقتصادی محصور نمی‌شوند؛ مانند باکتری‌های مقاومی که پایین‌دست تصفیه‌خانه‌های فاضلاب بیمارستان‌ها ظاهر می‌شوند و قارچ‌کش‌های کشاورزی که عفونت‌های شایع بیمارستانی را به عفونت‌های درمان‌ناپذیر تبدیل می‌کنند.
طبق گزارش مذکور، دولت‌ها باید مقرراتی برای مهار آلودگی آنتی‌بیوتیکی وضع کنند و برای کاهش مصرف آنتی‌بیوتیک‌ها بر تولیدکنندگان مواد‌غذایی فشار بیاورند و سیستم‌های بهداشتی را برای حذف باکتری‌های مقاوم از فاضلاب‌ها و برنامه‌های نظارتی را برای تأیید این مسئله ایجاد کنند که آیا حفاظت‌های زیست‌محیطی اجراشده کارآمد هستند.
درعمل، این امر UNEP را به‌عنوان سازمانی پیشرو در مبارزه‌ی جهانی برای کنترل باکتری‌های مقاوم ارتقا می‌دهد و آن را با سایر آژانس‌های سازمان ملل (سازمان جهانی بهداشت و سازمان جهانی سلامت حیوانات و سازمان غذا و کشاورزی) در رویکردی به‌هم‌پیوسته به یکدیگر ارتباط می‌دهد و نگرانی‌های انسانی و حیوانی و زیست‌محیطی را به‌هم ارتباط می‌دهد.
این امر مهم است؛ زیرا کشورها درحال‌توسعه برنامه‌هایی برای کنترل مقاومت آنتی‌بیوتیکی ازطریق فرایند سازمان ملل هستند که سال ۲۰۱۶ آغاز شد. اکنون از کشورها خواسته می‌شود تا هنگام تلاش برای کاهش عفونت‌های مقاوم در انسان‌ها، محافظت زیست‌محیطی را نیز در نظر بگیرند. این اقدامی ضروری است که چهارچوب مسئله‌ی ابرمیکروب‌ها را اصلاح می‌کند و آن را از مشکلی که به‌دست افراد بدرفتار ایجاد می‌شود، به مسئولیتی مشترک برای حفاظت از میکروبیوم سیاره تبدیل می‌کند.
کلاس کرشل، مورخ علم و پزشکی و استادیار دانشگاه کالج دوبلین می‌گوید: «محیط، تنها چیزی است که مکان‌های مختلفی که در آن مقاومت میکروبی شکل می‌گیرد، به روش معناداری به‌هم متصل می‌کند. در درازمدت، این مسیری است که نظارت ضدمیکروبی نه‌تنها در دو‌سه سال آینده، بلکه برای ۲۰ تا ۳۰ سال آینده باید به آن سمت حرکت کند.»
با‌توجه‌به این موضوع که اولین آنتی‌بیوتیک‌ها از محصولات ارگانیسم‌های موجود در طبیعت مشتق شدند، عجیب است که تاکنون نقش محیط‌زیست در این موضوع نادیده گرفته شده است. دو سال پیش زمانی‌که کرشل و پژوهشگرانی از شش کشور دیگر بیانیه‌های سیاسی ۷۵ سال را درباره‌ی مقاومت دارویی بررسی کردند، دریافتند که فقط در دو مورد (از ۲۴۸ مورد) از آن‌ها به محیط‌زیست به‌عنوان نگرانی پایدار اشاره شده بود. کرشل با اشاره به مقاومت ضدمیکروبی می‌گوید:
میلیون‌ها نفر براثر مقاومت ضدمیکروبی می‌میرند؛ اما نیم‌قرن است درباره‌ی این موضوع حرف می‌زنیم که چگونه مقرراتی درزمینه‌ی مقاومت ضدمیکروبی وضع کنیم. بااینحال، هنوز استفاده رو‌به‌افزایش از داروهای ضدمیکروبی و افزایش مقاومت آنتی‌بیوتیکی را دارید؛ بنابراین، وقت آن است که گسترده‌تر فکر کنیم.-
نمودارهای پیچیده‌ای که در گزارش UNEP آمده است، نشان می‌دهد که هم باکتری‌های مقاوم و هم آنتی‌بیوتیک‌ها و قارچ‌کش‌های تصفیه‌نشده از نقاط بسیاری وارد محیط می‌شوند: فاضلاب بیمارستان‌ها، پساب صنایع تولیدی، سمپاشی محصولات کشاورزی و خوراک دام.
وقتی آنتی‌بیوتیک‌ها و قارچ‌کش‌ها وارد محیط می‌شوند، می‌توانند ارگانیسم‌های محیط را تحت‌تأثیر قرار دهند. علاوه‌بر‌این، ازآن‌جاکه باکتری‌های مقاوم از منابع دیگر وارد محیط می‌شوند، ژن‌های آن‌ها می‌تواند به‌وسیله‌ی ارگانیسم‌های دیگر برداشته شود یا براثر مواجهه با میکروب‌های خاک که ترکیبات دفاعی خاص خود را دارند، تغییر پیدا کنند. پاتوژن‌های تغییریافته یا تقویت‌شده می‌توانند از راه مسیرهای مختلفی مانند مسیرهای مهاجرت پرندگان، مسیرهای سفر موجودات وحشی یا مسیر آب‌های سطحی یا باد به مکان‌های دیگری منتقل شوند و درنهایت، دوباره به دنیای انسان برگردند.
یوآخیم لارسون، استاد فارماکولوژی زیست‌محیطی در دانشگاه گوتنبرگ سوئد، در مراحل اولیه‌ی پروژه‌ی UNEP مشاور بوده است. وی می‌گوید:
مهم است که نقش‌های بسیار مهم محیط را به رسمیت بشناسیم. واضح است که محیط‌زیست مسیری برای انتقال باکتری‌های مقاوم است؛ اما آنچه به آن توجه نمی‌‌شود، این است که محیط منبع مقاومت است. اگر به ژن‌های مقاومتی که در باکتری‌های بیماری‌زا وجود دارد، نگاه کنیم، می‌بینیم که آن‌ها از جای دیگری آمده‌اند و به‌نوعی حاصل تعامل با باکتری‌های محیطی بوده است.-
درک این موضوع که محیط همیشه منبع ژن‌هایی بوده است که باکتری‌ها از آن‌ها برای دفاع خود استفاده می‌کنند (وقتی سلاح‌های شیمیایی آن‌ها را به‌عنوان سلاح‌های خودمان به‌کار گرفتیم، نام آن را مقاومت دارویی گذاشتیم)، نشان می‌دهد نمی‌توان این مقاومت را ریشه‌کن کرد. بااینحال، شاید بتوان چهارچوب آن را از نو ایجاد کرد. اگر بدانیم که حتی آنتی‌بیوتیک‌های ضروری فلور میکروبی ما را نابود می‌کنند، باید مایل باشیم از تنوع باکتریایی جهان خود نیز محافظت کنیم.
ناگفته نماند با وجود سال‌ها نگرانی و اعتراض، آژانس حفاظت از محیط‌زیست ایالات متحده در آخرین تلاش برای کنترل بیماری میوه‌ی سبز مرکبات، اسپری‌کردن بیش از ۶۵۰ هزار پوند استرپتومایسین (حدود ۴۶ برابر آنچه ایالت متحده هر‌سال به بیماران انسانی می‌دهد) را در باغ‌های مرکبات فلوریدا تأیید کرد. مت ولینگتون، مدیر کمپین‌های بهداشت عمومی سازمان غیرانتفاعی US PIRG می‌گوید:
سازمان حفاظت از محیط‌زیست ایالات متحده به‌درستی مطالعه نکرده است که این کار چه تأثیری بر مقاومت آنتی‌بیوتیکی در محیط خواهد گذاشت. باوجوداین، همه‌ی کارشناسان بهداشت عمومی می‌توانند حدس بزنند که این کار نتیجه خوبی نخواهد داشت. باکتری‌های مقاوم به دارو از راه محیط یعنی خاک و آب و هوا به انسان می‌رسند.-
اگر این اتفاق مانند تراژدی منابع مشترک به‌نظر برسد (تخریب منبع مشترکی که همه از آن استفاده می‌کنند و کسی مسئولیت آن را برعهده نمی‌گیرد)، باید گفت اشتباه نیست. راه‌حل چنین تراژدی وضع مقررات و محدودیت است و ازنظر استفاده از آنتی‌بیوتیک‌ها، ممکن است این اقدامات تأثیرگذار باشند.
تجزیه‌و‌تحلیل جدیدی از مصرف جهانی آنتی‌بیوتیک‌ها در دام‌ها که ازنظر حجم خیلی بیشتر از استفاده انسانی است، نشان می‌دهد به‌دلیل مقررات جدید، از زمان ارزیابی بین‌المللی که سال ۲۰۱۵ انجام شد، مصرف این مواد در اروپا و چین کاهش یافته است. بااین‌همه، در سطح جهان استفاده از آنتی‌بیوتیک‌ها در بخش کشاورزی همچنان در حال افزایش است. طبق پیش‌بینی‌ها، میزان مصرف آنتی‌بیوتیک‌ها در بخش کشاورزی تا سال ۲۰۳۰ به ۱۰۷,۴۷۲ تن افزایش پیدا خواهد کرد. این در حالی است که تنها ۴۳ کشور در جهان استفاده از داروها در مزارع خود افشا می‌کنند.
توماس ون‌بوکل، نویسنده‌ی اصلی تجزیه‌و‌تحلیل جدید و استادیار جغرافیای سلامت در دانشگاه گوتنبرگ، می‌گوید بدون گزارش شفاف نمی‌توان درباره‌ی پاسخ‌گویی و مسئولیت جدی عمل کرد. برای حفظ اشتراکات میکروبی ما، این داده‌ها باید تولید و گزارش شوند و مسئولیت‌پذیری وجود داشته باشد.
